核心区别在于卖货的主体是谁：对于自营而言，是像京东那样的平台自行去进行采买，自行开展仓储工作，自行负责发货事宜，自行承担售后责任；而针对官方旗舰店来说，是品牌方亲自进行运营的，由品牌方自己进行货物的供应，自己负责发货这一环节，同时负责售后相关事务。
自营店 vs 官方旗舰店：核心对比
维度 自营店 官方旗舰店
经营主体 平台（如京东） 品牌方
京东物流是物流平台自建的物流，能实现次日达或者当日达从而带来极速体验，与之多数是第三方物流相比时效较慢，并且部分品牌会和平台物流形成合作关系。
售后由平台统一进行处理，会安排上门取件，其流程是标准化的，让人省心，品牌方负责售后，专业程度高，特别是针对大家电、数码产品，但该程序流程比较长。
由于平台进行批量采购，所以在价格方面具备优势，要是再叠加平台补贴则会更加划算，其价格稳定，并且常常会有独家赠品、限量款以及会员活动。
商品挑选，品类丰富齐全，适宜一站式购物，部分是平台特供版本，新品、限量款率先发布，SKU最为齐全，和线下专柜相同。
选购建议
自所选营，于购买日用品、小家电等标准品类时，追求快速及省心之体验，着重极速物流以及便捷售后之情形下。
选择官方旗舰店，购买新品，购买限量款，购买奢侈品，或者购买需要专业安装保修的大件物品，比如冰箱、空调，追求那种与品牌官方保持一致的服务以及体验。
总而言之，两者各有优势，按需选择即可。